কওমি মাদরাসাগুলোতে শিক্ষার্থীদের শারীরিক ও মানসিক নিরাপত্তা নিশ্চিত করতে বিভিন্ন সংস্কারমূলক পদক্ষেপ গ্রহণের পরামর্শঃ 
১) ‘খেদমত’ বা সেবার নামে কোমলমতি শিক্ষার্থীদের শিক্ষকদের ব্যক্তিগত কিংবা গৃহস্থালির কাজে নিয়োজিত করা এবং রাতে বা নির্জন সময়ে কোনো শিক্ষকের কক্ষে ডেকে নেওয়ার মতো প্রথা বন্ধ করা প্রয়োজন। এ ধরনের পরিস্থিতি শিক্ষার্থীদের নিরাপত্তা ও স্বাভাবিক বিকাশের জন্য ঝুঁকি তৈরি করতে পারে।
২) শিক্ষার্থীদের যেকোনো ধরনের অপব্যবহার, নির্যাতন ও হয়রানি থেকে সুরক্ষায় কওমি মাদরাসাগুলোতে কার্যকর নজরদারি ও সুরক্ষা ব্যবস্থা চালু।
পরামর্শের অন্যতম দিক হলো, ‘খেদমত’ বা সেবার নামে শিক্ষার্থীদের দিয়ে শিক্ষকদের ব্যক্তিগত কিংবা গৃহস্থালির কাজ করানো বন্ধ করা। তার মতে, শিক্ষার্থীদের মূল লক্ষ্য হওয়া উচিত শিক্ষা ও সুস্থ বিকাশ নিশ্চিত করা।
এ ছাড়া রাতে বা নির্জন সময়ে শিক্ষার্থীদের কোনো শিক্ষকের কক্ষে একান্তে ডেকে নেওয়ার মতো পরিস্থিতি এড়ানো।
৩) আবাসিক শিক্ষার্থীদের নিরাপত্তা নিশ্চিত করতে প্রাতিষ্ঠানিক নজরদারি বাড়ানোর পরামর্শ দেওয়া হয়েছে। প্রয়োজনীয় স্থানে সিসিটিভি ক্যামেরা স্থাপন, নিয়মিত তদারকি এবং দায়িত্বশীল ব্যক্তিদের মাধ্যমে আবাসিক ব্যবস্থাপনা পর্যবেক্ষণের কথা বলা হয়েছে।
মাদরাসার বারান্দা, অফিস কক্ষ ও অন্যান্য সাধারণ জায়গায় সিসিটিভি ক্যামেরা স্থাপন করে নজরদারি বাড়ানো যেতে পারে। একই সঙ্গে শিক্ষার্থীদের জন্য গোপন অভিযোগ বাক্স বা অভিযোগ গ্রহণের বিশেষ সেল গঠন।
৪) শিক্ষার্থী ও শিক্ষকদের জন্য নিয়মিত নৈতিকতা, শিশু সুরক্ষা এবং আচরণবিধি বিষয়ে কর্মশালার আয়োজনের পরামর্শ দেওয়া হয়েছে।
এ ছাড়া কোমলমতি শিক্ষার্থীদের নিরাপদ ও অনিরাপদ স্পর্শের পার্থক্য সম্পর্কে বয়স উপযোগী সচেতনতা তৈরির ওপরও গুরুত্ব দেওয়া হয়েছে। কোনো অনাকাঙ্ক্ষিত আচরণের মুখোমুখি হলে তাৎক্ষণিকভাবে প্রতিবাদ করা কিংবা বিশ্বস্ত কর্তৃপক্ষকে জানানোর বিষয়ে শিক্ষার্থীদের সচেতন করার পরামর্শ দেওয়া হয়েছে।
৫) কোনো শিক্ষক বা দায়িত্বশীল ব্যক্তির বিরুদ্ধে শারীরিক, মানসিক কিংবা যৌন নিগ্রহের অভিযোগ উঠলে বিষয়টি গুরুত্বের সঙ্গে তদন্ত করে অভিযোগ প্রমাণিত হলে চাকরিচ্যুতিসহ প্রচলিত আইন অনুযায়ী কঠোর ব্যবস্থা নেওয়ার পরামর্শ ।
শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানে শিক্ষার্থীদের নিরাপত্তা নিশ্চিত করতে নীতিমালার পাশাপাশি অভিযোগ গ্রহণ, তদন্ত ও ব্যবস্থা গ্রহণের কার্যকর প্রক্রিয়া থাকা জরুরি।
৬) মাদরাসার শিক্ষা ও আবাসিক কার্যক্রমে অভিভাবকদের নিয়মিত অংশগ্রহণ ও তদারকি নিশ্চিত করা। এ জন্য অভিভাবক কমিটি গঠন করে প্রতিষ্ঠানের সার্বিক পরিবেশ পর্যবেক্ষণে তাদের সম্পৃক্ত করার পরামর্শ দেওয়া হয়েছে।
এসব পদক্ষেপ বাস্তবায়ন করা হলে কওমি মাদরাসাসহ শিক্ষাপ্রতিষ্ঠানগুলোর পরিবেশ আরও নিরাপদ, সুশৃঙ্খল ও শিক্ষার্থীবান্ধব করা সম্ভব। একই সঙ্গে ধর্মীয় শিক্ষার পরিবেশের মর্যাদা বজায় রেখেও শিক্ষার্থীদের শারীরিক ও মানসিক নিরাপত্তা নিশ্চিত করা যাবে।